Rok 1999 to 35 rocznica wprowadzenia na rynek pierwszego Mustanga. Na tę okazję Ford przygotował specjalną wersję samochodu w zupełnie nowej stylistyce "New Edge". Mustang stracił swoje łagodne, zaokrąglone kształty na rzecz ostrych, agresywnych krawędzi, zachowując przy tym aerodynamiczność. Wąskie, halogenowe światła przednie zespolone z kierunkowskazami, większe rury wydechowe oraz elementy karoserii wykonane z tworzyw sztucznych. Model "rocznicowy" posiadał również oznaczenia charakteryzujące 35 rocznicę produkcji. W 2000 roku nie nastąpiły zmiany w wyglądzie zewnętrznym (poza usunięciem rocznicowych oznaczeń z roku 1999). Modele V-6 i GT odróżniały się od siebie tylko tym, że GT posiadał podwójne rury wydechowe.

W roku 2000 pojawiła się również limitowana seria modeli 300 "Cobra R". Była to wersja specjalna, nawiązująca do wyścigów. Cobra R była wyposażona w silnik DOHC o pojemności 5,4 litra i o mocy 385 koni mechanicznych. Samochód był wyposażony w 6-stopniową skrzynię biegów. Ciekawostką było pozbawienie auta takich akcesoriów, jak klimatyzacja, lub tylne siedzenie – by lepiej nawiązać do samochodów wyścigowych. Inne modyfikacje to m.in: siedzenia firmy Recaro, układ wydechowy Borla, zawieszenie Bilstein, amortyzatory Eibach i wiele innych. Cobra R kosztowała 55,845 dolarów i sprzedała się niemal natychmiast.

2001 rok przyniósł kolejną edycję specjalną Mustanga GT o nazwie "Bullitt". Był to współczesny odpowiednik Forda Mustanga GT z 1968 roku, którym jeździł Steve McQueen w filmie "Bullitt". Zawieszenie zostało nieco obniżone, przez co poprawiły się parametry jezdne Mustanga. "Bullitt" wyposażony był też w nowe, pięcioramienne koła, nawiązujące do fastbacka z 1968. Inne elementy wystroju to np. wlot paliwa przypominający te w samolotach, aluminiowe pedały lub aluminiowa gałka skrzyni biegów. Samochód dostępny był w trzech kolorach: niebieski, czarny oraz ciemnozielony (jak Mustang z filmu). Napędzał go silnik o mocy 265 koni mechanicznych. Podobnie jak Cobra R, "Bullitt" był hitem – wszystkie 5000 egzemplarzy zostało sprzedanych bardzo szybko.

Ford Mustang z roku 2002 dostępny był wraz z systemem audio Visteon Mach 1000. System miał moc ponad 1100 watów. W skład zestawu wchodziło m.in, sześć 85-watowych subwooferów oraz odtwarzacz CD ze zmieniarką na 6 płyt CD z możliwością wymiany na odtwarzacz MP3. W ciągu następnych lat pojawiło się jeszcze kilka edycji limitowanych:

• Ford Mustang Mach 1 – seria limitowana z 2003 roku. Mach 1 wyposażony był w silnik DOHC o mocy 305 koni mechanicznych oraz pięciobiegową ręczną skrzynię biegów. Ponadto posiadał pomalowaną na czarno maskę, 17-calowe felgi oraz wlot powietrza na masce.
• Czerwiec 2003 – 100 rocznica powstania Forda. Kolejna specjalna wersja Mustanga – modele pomalowane tylko na czarno, wyposażone w skórzane siedzenia, 17-calowe felgi, ulepszony system trakcji, podwójny wydech, kierownica obita skórą, zestaw audio Mach 460 ze zmieniarką na 6 płyt CD oraz rocznicowe oznaczenia.
• 40 rocznica powstania Mustanga w roku 2004 – wszystkie Mustangi SVT zostały wyposażone w oznaczenia rocznicowe oraz opcjonalnie możliwość nabycia ulepszeń: Deluxe Equipment Group oraz Premium Equipment Group.

Lista modeli silników:

• 3.8L V6 193KM
• 4.6L V8 260KM (GT)
• 4.6L V8 305KM (Mach 1)
• 4.6L V8 320KM (Cobra)
• 4.6L V8 390KM (Cobra Supercharged rocznik 2003-04)
• 5.4L V8 385KM (Cobra R)