28 sierpnia 1968 roku Ford zaprezentował nowego Mustanga na rok 1969. Tym razem samochód przeszedł gruntowny facelifting. Metalowa, chromowana atrapa chłodnicy została zastąpiona przez nową, czarną i wykonaną z plastiku. Logo Mustanga nie było już umieszczone pośrodku, tylko po stronie kierowcy i było mniejsze. Boczne i tylne linie nadwozia zostały wygładzone, tylna ściana wraz z szybą opadała łagodnie aż do punktu styku z tylnymi światłami. Z przodu zostały zamontowane poczwórne światła: 2 wewnątrz atrapy chłodnicy i 2 poza nią. Maska przypominała nieco swym wyglądem literę V, co było podkreślone przez wlot powietrza umieszczony na masce. Zmianie uległ też napis MUSTANG, a szyby zostały powiększone i rozszerzone, co umożliwiło lepszą widoczność.

W tym okresie powstały trzy wersje Mustanga: Mach 1, Boss 302 oraz Boss 429. Boss 429 był autem stworzonym dla celów wyścigów NASCAR. Było to auto wyposażone w silnik V8 o pojemności 429 cali sześciennych (ok. 7 litrów) i o mocy 375 KM. Prawdopodobnie wybudowano tylko 1,300 sztuk tego auta. Był to chyba najszybszy i najdroższy swego czasu Mustang. Boss 302 miał być połączeniem siły "muscle cara" ze zwrotnością samochodu sportowego. Był on najczęściej napędzany 290-konnym silnikiem V8 o pojemności 302 CI (ok. 5 litrów) i posiadał czterostopniową manualną skrzynię biegów. Boss 302 określany był mianem "auta, którym GT-350 powinien był być". Wyprodukowano tylko niecałe 9000 egzemplarzy tych samochodów. W roku 1970 przyszła kolejna zmiana w wyglądzie Mustanga – galopujący koń pojawił się znów pośrodku chłodnicy. Atrapa chłodnicy została powiększona, liczbę przednich reflektorów zredukowano do dwóch, które mieściły się w atrapie chłodnicy. Po bokach atrapy znajdowały się podwójne otwory imitujące wloty powietrza. W roku 1970 został też wprowadzony model Mach 1, który był najwygodniejszy z trzech modeli Mustanga produkowanych w tym czasie. W wyposażeniu pojawiła się też klimatyzacja, która spowodowała spadek sprzedaży Mustangów kabrioletów prawie o połowę. Jest to też rok zerwania współpracy firm Ford i Shelby.

Lista modeli silników:

• 200CiD V6 115hp
• 250CiD V6 155hp
• 302CiD V8 220hp
• 302CiD V8 290hp (Boss 302)
• 351CiD V8 250hp
• 351CiD V8 290hp
• 390CiD V8 320hp
• 428CiD V8 335hp (CobraJet)
• 428CiD V8 335hp (CobraJet-R)
• 429CiD V8 375hp (Boss 429)
• 200CiD V6 120KM
• 351CiD V8 300KM